Copa Sudamericana 2009 logrando dejar afuera a equipos como Deportivo Cali de Colombia e Internacional de Brasil, cayendo en cuartos de final tras empatar 2-2 como visitante y ser derrotado como local por 0-1 ante Fluminense. Para la temporada 2010, el uruguayo Gerardo Pelusso asumió como nuevo entrenador de Universidad de Chile. Sin embargo, Universidad de Chile cayó por 0-2 en el Estadio Monumental y luego por 0-1 en el Estadio Nacional, quedando los azules fuera de la carrera por el título, cuyo título fue ganado justamente por el archirrival.