Los años 1990 fueron también una gran década para las demás secciones profesionales. Sin embargo, la situación deportiva del equipo se deterioró hasta el punto de una profunda división social entre partidarios del entrenador, Johan Cruyff y partidarios del presidente, José Luis Núñez. Núñez limpió la plantilla de cualquier rastro del neerlandés. En unos casos, por meros intereses de terceros para encarecer el producto; en otros, porque existe de verdad un tanteo del club para valorar la incorporación.