El año 2006 lo inició con problemas; debido al exigente 2005, tuvo que estar casi cuatro meses sin jugar (se perdió por lesión la Masters Cup del año anterior y el Abierto de Australia de este año). Campeón en Barcelona por segundo año consecutivo tras deshacerse de Tommy Robredo en la final, y campeón también consecutivamente en los Masters Series de Montecarlo tras derrotar sucesivamente a Guillermo Coria, Gastón Gaudio y Roger Federer y en Roma venciendo nuevamente a Federer en la final tras cinco mangas, dos bolas de partido salvadas y cinco horas de juego.