En el segundo semestre Colo-Colo participó en la Copa Sudamericana 2006, en donde logró alcanzar la final gracias a la buena actuación de figuras como Sebastián Cejas, Humberto Suazo, Alexis Sánchez y Matías Fernández como gran figura. El equipo, también entrenado por Menotti, ganó el torneo con Diego Maradona y Ramón Díaz como los líderes y los jugadores más destacados de la escuadra. Además, en octubre de ese año, los albos fueron reconocidos por la IFFHS, como el Mejor equipo del mundo del mes.